كان النظام المتبع أن ينتخب من بين كبار العلماء ناظر يشرف على شئونه منذ إنشائه إلى آخر القرن الحادي عشر الهجري. فقد أنشئ منصب شيخ الجامع الأزهر في عهد الحكم العثماني ليتولى رئاسة علمائه، ويشرف على شئونه الإدارية، ويحافظ على الأمن والنظام بالأزهر. وهذا ثبت بأسماء شيوخ الأزهر:

1. الشيخ محمد عبد الله الخرشي المالكي المتوفى سنة 1101هـ / 1690م
2. الشيخ إبراهيم بن محمد بن شهاب الدين البرماوي الشافعي (1101 هـ - 1106 هـ/ 1690م - 1694م)
3. الشيخ محمد النشرتي المالكي (1106 هـ - 1120 هـ / 1694 م - 1708م)
4. الشيخ عبد الباقي القليني المالكي (1120 هـ- ؟ / 1708م-؟)
5. الشيخ محمد شنن المالكي (1133 هـ / 1721 م)
6. الشيخ إبراهيم موسى الفيومي المالكي (1133هـ - 1137 هـ / 1721م - 1725م)
7. الشيخ عبد الله الشبراوي الشافعي (1137 هـ - 1171 هـ / 1725م - 1757م)
8. الشيخ محمد سالم الحفني الشافعي (1171 هـ - 1181 هـ / 1757م - 1767م)
9. الشيخ عبد الرؤوف السجيني الشافعي (1181 هـ - 1182 هـ / 1767م - 1768م)
10. الشيخ أحمد الدمنهوري الشافعي (1182 هـ -1190 هـ / 1767م - 1776م)
    (عطلت المشيخة مدةً بسبب نزاعات وشغب بين الحنفية والشافعية)
11. الشيخ أحمد بن موسى بن داود أبو الصلاح العروسى من أسرة العروسي الشافعي 1192 هـ - 1208 هـ / 1778م - 1793م
12. الشيخ عبد الله الشرقاوي الشافعي 1208هـ - 1227 هـ / 1793م - 1812م
13. الشيخ محمد الشنواني الشافعي 1227 هـ - 1233 هـ / 1812م - 1818م
14. الشيخ محمد بن أحمد العروسي أسرة العروسي الشافعي 1233 هـ - 1245 هـ / 1818م - 1829م
15. الشيخ أحمد بن علي الدمهوجي الشافعي (1245 هـ - 1246 هـ / 1829م - 1830م)
16. الشيخ حسن بن محمد العطار (1246 هـ - 1250 هـ / 1830م - 1834م)
17. الشيخ حسن القويسني الشافعي (1250 هـ - 1254 هـ / 1834م - 1838م)
18. الشيخ أحمد عبد الجواد الشافعي (1254 هـ -1263 هـ / 1838م - 1847م)
19. الشيخ إبراهيم الباجوري الشافعي (1263 هـ - 1277 هـ / 1847 - 1860م)
    (حدثت اضطرابات في الأزهر، فظل بلا شيخ، وتم تعيين أربعة وكلاء نيابة عن الشيخ الباجوري للقيام بشئون الجامع، ولما توفي سنة 1277 هـ (1860م) استمروا في القيام بشئون الأزهر حتى عين الشيخ العروسي.)
20. الشيخ مصطفى العروسي أسرة العروسي (1281 هـ - 1287 هـ / 1864م - 1870م)
21. الشيخ محمد المهدي العباسي الحنفي (1287 هـ - 1299 هـ / 1870م - 1882م)
22. الشيخ شمس الدين الإنبابي الشافعي (1299 هـ - 1313 هـ / 1882م - 1896م)
23. الشيخ حسونة النواوي الحنفي (1313 هـ - 1317 هـ / 1896م - 1900م)
24. الشيخ عبد الرحمن القطب الحنفي النواوي (1317 هـ /1900م)
25. الشيخ سليم البشري المالكي (1317 هـ - 1320 هـ / 1900م - 1904م)
26. السيد علي بن محمد الببلاوي، استقال في شهر محرم عام 1323 هـ / 1905م
27. الشيخ عبد الرحمان الشربيني، استقال سنة 1327 هـ/ 1909م
28. الشيخ حسونة بن عبد الله النواوي، استقال في العام نفسه (1327 هـ - 1909م)
29. الشيخ سليم البشري إلى سنة 1335 هـ/ 1916م
30. الشيخ محمد أبو الفضل الجيزاوي (14 ذي الحجة 1325 هـ - 1348 هـ / 1907م-1928م)
31. الشيخ محمد مصطفى المراغي الحنفي: من 1928م إلى أن استقال سنة 1930م
32. الشيخ محمد الأحمدي الظواهري (1930م - 1935م)
33. الشيخ محمد مصطفى المراغي "للمرة الثانية" (1935م - 1945م)
34. الشيخ مصطفى عبد الرازق (1945م - 1947م)
35. الشيخ محمد مأمون الشناوي (1948م - 1950م)
36. الشيخ عبد المجيد سليم البشري (1950م - 1951م)
37. الشيخ إبراهيم حمروش (1951م - 1952م)
38. الشيخ عبد المجيد سليم البشري "للمرة الثانية" (1952م - 1952م)
39. الشيخ محمد الخضر حسين (1952م - 1954م)
40. الشيخ عبد الرحمن تاج (1954م - 1958م)
41. الشيخ محمود شلتوت (1958م - 1963م)
42. الشيخ حسن مأمون (1963م - 1969م)
43. الدكتور محمد الفحام (1969م - 1973م)
44. الدكتور عبد الحليم محمود (1973م - 1978م)
45. الدكتور محمد عبد الرحمن بيصار (1979م - 1982م)
46. الشيخ جاد الحق علي جاد الحق (1982م - 1996 م)
47. الدكتور محمد سيد طنطاوي (1996 م- 10 مارس 2010م - 24 ربيع الأول 1431 هـ)