كان النظام المتبع أن ينتخب من بين كبار العلماء ناظر يشرف على شئونه منذ إنشائه إلى آخر القرن الحادي عشر الهجري. فقد أنشئ منصب شيخ الجامع الأزهر في عهد الحكم العثماني ليتولى رئاسة علمائه، ويشرف على شئونه الإدارية، ويحافظ على الأمن والنظام بالأزهر. وهذا ثبت بأسماء شيوخ الأزهر:
الشيخ إبراهيم الباجوريالشافعي (1263 هـ - 1277 هـ / 1847 - 1860م) (حدثت اضطرابات في الأزهر، فظل بلا شيخ، وتم تعيين أربعة وكلاء نيابة عن الشيخ الباجوري للقيام بشئون الجامع، ولما توفي سنة 1277 هـ (1860م) استمروا في القيام بشئون الأزهر حتى عين الشيخ العروسي.)
